Das ist aus den gänzlich verschiedenen Umständen beider Begebenheiten zu erklären.
In Matthäus 12 wurde der Herr von Seinen Hassern angegriffen, nachdem Er einen unglücklichen Menschen von einem Dämon befreit hatte. Da zeigte Er ihnen, dass Nichtannahme Seiner Person nicht etwa Neutralität - denn in dieser Form kann es keine Neutralität geben, sondern nur ein Entweder-Oder - sondern direkte Ablehnung, Verwerfung bedeute, deren Folge unausweichlich das Gericht Gottes sein würde. Davon ist Pilatus ein deutliches Beispiel, der ja auf alle Weise suchte, sich aus der Sache Jesu zu ziehen, aber doch zu Seinem Richter und Justizmörder wurde, weil er nicht Gerechtigkeit walten ließ und keinen Mut hatte, zu seinem eigenen dreifachen Bekenntnis der Unschuld Jesu zu stehen.
In Markus 9 dagegen wendet sich der Herr gegen die geistliche Engherzigkeit der Jünger, welche den Stab brachen über einen offenbaren Zeugen des Herrn, der sogar in Seinem Namen wirkte, sich ihnen aber nicht angeschlossen hatte. Dabei erkannte der Herr, dass es den Jüngern nicht um die Nachfolge des Herrn ging, sondern dass ihr Überheblichkeit, Jünger des Messias zu sein, im Spiel war, als ob sie allein den richtigen Platz einnehmen würden. Und der Mann hatte mehr zustande gebracht als sie, trotzdem sie die Nähe des Herrn genossen (Verse 14-29). Es war somit Eifer um ihre eigene, nicht um des Herrn Sache (vgl. "der uns nicht nachfolgt") und dieser einseitigen "Nur-wir"-Einstellung gibt der Herr hier eine deutliche Absage.